La gouvernance du GIP ESEA repose sur :

• une Assemblée Générale constituée par les 58 signataires de la convention constitutive, membres promoteurs de la structure,
• un Conseil d'Administration, lui-même désigné par l'Assemblée Générale, animé par un Président et 3 Vice-Présidents.

Le Conseil d'Administration du GIP ESEA participe aux décisions administratives et financières. Il émet des avis et propositions sur les activités et projets opérationnels menés par le GIP, ainsi que sur le rapport d’activité annuel.